U bogatoj i raznovrsnoj flori nacionalnog parka, posebno mjesto imaju endemske i/ili rijetke vrste, kao što su: dinarski rožac, travnatolisna misjakninja, žuta lincura, durmitorska divizma, Nikolajeva ljubičica, balkanska debeljača, mlječika crnogorska, modro lasinje, Cojzova ljubičica Dafnijev i Malijev jeremičak i dr. Rijetke i prorijeđene vrste su: tisa, runolist, gencijane, lincura i dr.